میرزا آقاخان و رفیقش در زندانِ دو پادشاه جاهل و مستبد گرفتار شدند و "در این میانه حضرت شیخ اجل و سیّد اکرم [سیّدجمال‌الدین اسدآبادی] هر روز در سرای [قصرنشان‌تاش، به خدعه و دسیسه مشغول]... و شبها در افطار همایونی"^[77] روزگار سپری می‌کرند. وی نه تنها شوری در مبارزات آزادی‌خواهانۀ ایرانیان ایجاد نکرد، بلکه بر طبق نقشۀ انگلیسیان " فی‌الجمله تنبلی" به وجود آورد.

میرزا آقاخان در همین زمان با سرخوردگی می‌نویسد: "حضرت سیّد هنوز به خانۀ نو تشریف نبرده‌اند. این روزها خانه را تفریشات [فرش] می‌نمایند، وعده داده‌اند که پس از انتقال به خانه [نو] شرح حال خود را بنگارند. از روزی که بنده خدمت حضرت ایشان مشرف شده‌ام فی‌الجمله تنبلی در خود احساس می‌کنم. تطابق میان حال مرید و مرشد نیز امری از قدیم مسلم بوده" و "حضرت شیخ اجل بعد از آن همه ‌های و هوی و ضرب و جرب که نشان داد باز ایشان رابه ملایمت و مدارا آرام کردند" و بالاخره "حضرت شیخ [جمال‌الدین اسدآبادی] در خانۀ [مجلل] خود به استقلال نشسته و چند نفر نوکر گرفته از صبح تا شام به پذیرایی مردم مختلف از هندی و تازی و افغانی و مصری و ایرانی و ترک و سودانی مشغولند. غیراز این هیچ کار دیگر ندارند."^[78]
بی‌تردید میرزا آقاخان آرام آرام متوجه اوضاع خطرناک و غم‌انگیز خود و هم میهنانش شده بود. او در آخرین ایام حیات نابسامان و اندوه‌بار خود دریافته بود که خبرچینانِ سفارتِ ایران، جاسوسانِ دولت عثمانی و مأمورین ایرانی دولت‌های استعماری، آنچنان در میان ایرانیان به اشکال و عناوین مختلف به رفت و آمد و دسیسه و توطئه مشغولند و آن چنان تارهای خیانت و نادرستی تنیده‌اند که جز گوشه‌گیری و گوشه‌نشینی و نوشتن آخرین نعره‌های خفه شده در حلقوم خود، چاره‌ای ندارد. به همین سبب بود که از همه چیز و از همه کس دوری می‌کرد. سرخوردگی او از مردمان زمانۀ خویش آن چنان در جان و روحش ریشه گرفته بود که حتی به رفیقان دوران جوانی و همرزمانِ قدیم خود نیز اعتمادی نداشت. در این ایام در نهانی مشغول نگارش "سه مکتوب" و "صدخطابه" شد. آشنایانش پس از دستگیری او تازه دریافتند که چرا او گوشۀ تنهایی گزیده بود.
میرزا آقاخان در نامه‌ای که شاید از آخرین نامه‌های وی به ملکم به شمار رود، اعتراف و اشاره به آیندۀ بیم‌ناک و هراس‌ناک، و سرانجامِ پُر از مخاطره و مهلک زندگی خود می‌کند و می‌نویسد:
"یکی از رفقای اصفهانی کاغذی مشتمل بر هزار التماس و آه و ناله و التجاء می‌نویسد که امان است، مبادا کاغذ برای من بنویسید یا چیزی بفرستید، که هرکس این روزها اسم شما را در طهران ببرد یا بدانند با شما مکابته دارد دیگر کار او تمام است... دیگری از محررین و منشیان امین السطان که سال‌ها با حقیر دوستی دارد به طور مخفی به حقیر به طور اشاره نوشته که سفیر اسلامبول چیزهایی فوق العاده از دست شما به طهران نوشته و چنان خاطر صدرات عُظمی و سلطنتِ صُغری مُکدّرست که به هر طور باشد جلب شما را از اسلامبول به طهران طالبند و اصرار دارند که سفیر، شما را روانۀ ایران نماید.
باری بنده هم تا می‌توانم مقاومت می‌کنم. وقتی که نتوانستم فرار می‌کنم می‌آیم به اروپا. ولی این قدر باید مرحمت بفرمایید که بیش از پیش یا در پاریس یا در وین و برلین هرنقطه‌ای که صلاح بدانید برای معلمی السنه‌شرقیه اعم از فارسی و عربی و ترکی جایی برای بنده معین فرمایید که همین قدر امرار وقتی بشود. امیدوارم اساس این حضرات به اینجاها نکشد و زود از هم متلاشی شود. دولت علیۀ عثمانی هم گمان نمی‌کنم آن قدر نامرد باشد که مرا تسلیم به حضرات بکند."
میرزا آقاخان و شیخ احمد روحی نه به درستی شخصیت ملکم را می‌شناختند و نه از ماهیت مأموریت واقعی سیّد جمال‌الدین اسدآبادی آگاهی داشتند. آنان از آن جایی که از قربانیان استبداد بودند و سرگردان و تحقیر شده در غربت زندگی مشکلی را می‌گذراندند، به مانند ایرانیان دوران ما، به هر هیجان و حرکت ظاهراً ضدِ استبدادی روی می‌آوردند و از صمیم قلب پشتیبانی و موافقت خود را اعلام می‌داشتند.

نه تنها میرزا آقاخان و شیخ احمد روحی و دیگر نام‌آوران "انجمن شیعیان ایران"، بلکه عدۀ دیگری از ایرانیان آواره به واقع چنین فکر می‌کردند که ملکم و سیّد جمال‌الدین برای کسب آزادی و ترقی و تجدد تودۀ ایرانی قیام کرده‌اند.

" از همه مهم‌تر آن‌که " چند نفراز حضرات بابی... میان ایشان زبانزد و مشهور است که می‌گویند یکی از علامات ظهور قائم فرود آمدن [رجعت] عیسی از آسمان و رواج دادن دین قائم است. این حضرات را اعتقاد این شده که میرزا ملکم‌خان همان عیسی [مسیح] است که احیای نفوس مردگان می‌نماید و عنقریب دین امام [مهدی] به نَفَحات عیسوی رواج خواهد گرفت. گویا در این خصوص از رئیس آنها [صبح ازل] تصریحی شده، مختصر این که جناب اشرف را خیلی مقدس می‌دارند. یقین بدانید صاحب استاتو [مجسمه] خواهید شد."^[79]

میرزا آقاخان بار دیگر در نامه‌ای با همین مضامین به ملکم از قول "پسر یکی از اوصیای باب" که احتمالاً شیخ احمد و یا برادرش شیخ افضل کرمانی بوده می‌نویسد:
"از جناب مستطاب عالی نهایت تمجید و احترام را دارد به طوری که اسم سرکار را با کمال تعظیم می‌برد. می‌گوید از مبادی عالیه [صبح ازل] نَصِ صریح رسیده بر این که شخص او [یعنی ملکم شارلاتان] رجعت عیسوی است و نصرت بزرگ می‌نماید قائم آل محمد را."^[80]

ادوراد براون و دیگر ایران‌شناسان آن دوران به روشنی می‌دانستند که بابیان اقلیت پرشوری هستند که بر سر آراء و عقاید خود پافشاری غیرقابل وصفی نشان می‌دهند و از پیکار و مقاومت در مقابل قشون دولتی ترس و بیمی به خود راه نمی‌دهند. همچنان‌که در قیام‌های خونین بابیان در قلعۀ طبرسی و شهر زنجان و نیریز و دیگر نقاط ایران، نشان دادند که حاضرند بکشند و کشته شوند. اما میرزا تقی‌خان امیرکبیر با سرسختی و شدت هرچه تمامتر نهضت بابیان را که نخست، به هیچ وجه جنبۀ ضد دولتی نداشت و فقط یک جنبش معنوی و دینی بود، به تشویق ملایان درهم کوبید. عدۀ بی‌شماری تبعید و تعدادی از بابیان از ترس جان راهی دیار غربت شدند و میهن‌شان ایران را ترک کردند. از همین زمان آوارگی و دربدری بابیان در کشورهای اسلامی و سرزمین‌های امپراطوری عثمانی آغاز شد.
این کاملاً طبیعی بود که این آوارگانِ از وطن رانده که زندگی را با فلاکت می‌گذرانند راحت نخواهند گرفت و زندگانی را به خاموشی و آرامی به پایان نخواهند برد و در هرکجا که باشند تلاش‌های پنهانی خود را علیه دولت و حکومت مستبد و ظالم قاجاریه ادامه خواهند داد.
این سرشت همۀ حکام مستبد است. دولت‌های "مطلقه" و استبدادی به جای آن‌ که جامعه را به آرامش و تفاهم متقابل دعوت نمایند و سیاست‌های منطقی و عاقلانه‌ای را برگزینند تا همه کس روی امنیت و آسایش بیند؛ به سرکوب مخالفین می‌پردازند و آنان را کشتار و یا وامانده و مملو از خشم و نفرت روانۀ دیار غربت می‌کنند.
ملکم و سیّد جمال‌الدین اسدآبادی دانسته و مزورانه با سران بابی تماس‌هایی برقرار کرده بودند و در نظر داشتند در یک شورش احتمالی از طرفدران و مؤمنین پرشور سیّد باب سود برند. اطلاعات سیّد جمال‌الدین در مورد بابیان بسیار گسترده و قدیمی‌تر از آشنایی وی با میرزا آقاخان و دوستانش در "انجمن شیعیان ایرانی" بود. هرچند که به ظاهر و گاهی در مقابل دیگران از بابیان انتقاد می‌کرد و بد می‌گفت.^[81] لیکن همیشه و آشکارا با آنها رابطۀ دوستانه‌ای داشت. او به خوبی می‌دانست که تعداد بابیان در چه حدودی می‌تواند باشد، در چه شهرهایی اقامت و فعالیت دارند، به چند فرقه و گروه تقسیم شده‌اند و خصوصاً اطلاعات وی در مورد نفوذ صبح ازل و بهاءالله دو رهبر متنفذ بابیان بسیار وسیع و کامل بود. این اطلاعات، درست ده سال قبل از آشنایی با میرزا آقاخان، جمع آوری شده بود و چنانچه اسناد و مدارک بی‌شماری نشان می‌دهند، این اطلاعات را در اروپا و برای دولت‌های اروپایی جمع آوری می‌کرد.

میرزا شریف، مستوفی اسدآباد، پسر میرزا حسین مستوفی و برادر بزرگ میرزا لطف الله خواهرزادۀ سیّد جمال‌الدین در نامه‌ای که در جواب سئوالات سیّد به تاریخ 15 رمضان 1301 مطابق با 9 ژوییه 1884 مرقوم و به پاریس ارسال داشته می‌نویسد:

"فقره دیگر، در جمیع ولایات ایران جمعیت کثیری طالب میرزا حسینعلی [نوری] عکاوی می‌باشند که حدّ و وصف ندارند. کتاب‌هایی چند از او در دست دارند مثل بیان [بیان، از آثار سیّد باب به دو زبان عربی و فارسی نوشته شده] و ایقان [از آثار بهاءالله] و غیره و غیره شب و روز به فکر و ذکر او هستند و او نیز خود را ملقب به بها نموده، مردمان عوام را می‌فریبد. تفصیل حالت او را البته جناب عالی بهتر مطلع می‌باشند. هرگاه صلاح بدانید و ممکن باشد مختصر کتابی ردّ او را بیان فرموده در ایران به یادگار بگذارید. خالی از ثمر نخواهد بود."^[82]

میرزا لطف الله خواهر زادۀ سیّد جمال‌الدین در تاریخ 1301/ 1884 میلادی در نامه‌ای که از اسدآباد همدان در جواب مکتوب سیّد جمال‌الدین به پاریس ارسال داشته، با توجه به این نکته که آشنایی میرزا آقاخان با سیّد جمال‌الدین اسد آبادی، تقریباً ده سال بعد و در سال 1310 مطابق با 1893 میلادی اتفاق افتاده، در جواب سئوالات سیّد جمال‌الدین اسد آبادی که از اوضاع بابیان در ایران سئوال کرده می‌نویسد: